2003年1月，在全面实行条状领导的基础上，为提高奉贤校区管理、教学、服务工作的水平，增强整体管理力量，提升学校内涵，有效推进奉贤校区各项工作，校党委决定成立新的奉贤校区工作党委和奉贤校区管理委员会。新的奉贤校区工作党委和管委会，作为校党委和校行政的派出机构，按照“以条为主，条块结合，贴近实际，强化管理”的指导方针，适当强化块状功能，履行好管理、指导、协调、督查、保障、服务、调研、应急职能，落实校党委、行政各项决策，协调各部门、各学院间工作关系。
        2015年10月，校党委决定撤销奉贤校区工作党委。
        为加强对奉贤校区的管理，学校党政和校区管委会先后制定了若干工作制度。主要有：

      ①校党政垂直领导与校部派出机构管理协调相结合；
      ②校党政领导在校区工作和夜间轮值；
      ③管委会工作责任制度；
      ④各部处和各学院干部配备及工作制度；
      ⑤学生工作人员和辅导员常驻校区；
      ⑥教师夜晚辅导答疑制度；
      ⑦加强校园学术文化氛围，学术文化资源共享；
      ⑧校区机关“午间无休”制度；
      ⑨校区工作应急预案制度；
      ⑩学生辅导员联谊会、学生宿舍网格化管理制度。